Naruto: Gekitou Ninja Taisen! 3 é a terceira parcela desta série. O jogo foi anunciado em 3 de agosto de 2004 e lançado no Japão em 20 de novembro de 2004. O jogo cobre os eventos do anime, desde os Exames Chunin até o arco Search for Tsunade. Esta parcela introduz a capacidade de mudar de forma durante o combate e dá a alguns personagens um segundo ataque especial. Além disso, o jogo adiciona ao modo tag-team de Clash of Ninja 2, concedendo ao jogador a capacidade de usar especiais da equipe. Embora este jogo tenha sido lançado exclusivamente no Japão, mais tarde recebeu uma versão aprimorada sob o nome Naruto: Clash of Ninja Revolution com menos personagens.