A jogabilidade do Jr. Pac-Man é semelhante ao de seus antecessores: o jogador controla o titular Jr. Pac-Man e marca pontos comendo todos os pontos no labirinto. Quatro fantasmas vagam pelo labirinto e tentam capturá-lo. O jogador pode comer um energizador para tornar os fantasmas azuis, tornando-os vulneráveis por um curto período de tempo e permitindo que o jogador os coma, enviando seus olhos de volta para sua base. Quando todos os pontos são limpos, um novo labirinto é apresentado e a jogabilidade é retomada.