Atelier Ayesha: O Alquimista do Crepúsculo visa satisfazer os desejos de todos os fãs de RPG de alquimia com novos recursos, adições ao sistema de batalha e novos enredos e personagens. Os fãs da série terão ainda mais para explorar com futuros lançamentos de DLC de novos trajes, personagens, áreas adicionais e muito mais! Atelier Ayesha: The Alchemist of Dusk segue a história de Ayesha Altugle, uma garota que vive sozinha em uma oficina isolada desde que seu avô morreu e sua irmã mais nova desapareceu há alguns anos. Ela se sustenta fazendo e vendendo remédios. Quando a história começa, ela descobre que sua irmã mais nova está viva em algum lugar do mundo. Agora, ela deve se dedicar a encontrar sua irmã mais nova. Sua jornada para cumprir sua promessa começa...

Ayesha Altugle é uma jovem herbalista que dirige uma oficina modesta, continuando silenciosamente após a perda de seu avô e o misterioso desaparecimento de sua irmã mais nova, Nio. Quando ela vislumbra uma aparição de Nio perto de seu suposto túmulo, Ayesha se convence de que sua irmã ainda está viva em algum lugar. Um encontro casual com uma alquimista errante revela que dominar a arte quase esquecida da alquimia pode ser a única maneira de trazer Nio de volta, e que ela tem apenas alguns anos para ter sucesso antes que a chance seja perdida para sempre.