Eco Phantoms é um jogo híbrido que contém exploração com uma aeronave em ambientes semelhantes a masmorras pseudo-3D, combate baseado em ação, sequências de arcade e elementos de resolução de quebra-cabeças.

Depois de seis anos longe da Terra, seu contrato de entrega finalmente acabou, você recebeu um cheque gordo e mal pode esperar para chegar em casa. À medida que sua nave se aproxima cada vez mais do velho e amado planeta azul, a expectativa aumenta. Mas espere! O que é isso? A terra é uma casca cinzenta desconhecida! Uma vasta nave-mãe alienígena paira acima dela, sugando impiedosamente todos os seus recursos naturais. Enquanto você estava fora, os Eco Fantasmas chegaram e fizeram isso! Agora, você conseguiu roubar uma nave Eco zepelim e desceu à Terra, para tentar reverter o processo de drenagem do planeta antes que seja tarde demais. Os Eco Phantoms construíram várias cúpulas na superfície do planeta, que abrigam seus edifícios e equipamentos. Você terá que navegar por três dessas cúpulas, aprender a operar e manter suas naves alienígenas, coletar recursos, coletar esferas de dados, resgatar prisioneiros e se envolver em confrontos com as forças Eco. Eventualmente, se você sobreviver o tempo suficiente, poderá entrar na nave-mãe alienígena, onde terá que reprogramar o computador principal, para reverter o processo e restaurar a Terra à vida.