A humanidade perdeu o controle sobre a Terra... Mutantes que foram criados durante conflitos anteriores ficaram completamente fora de controle. Os humanos foram forçados a fugir do planeta e assistir da Lua enquanto sua casa era invadida por mutantes e aqueles que se juntaram a eles. Agora, a situação se tornou ainda mais terrível. Ações mutantes desorganizadas se organizaram – alguém ou algo chamado "Shrak" os uniu e começou a reconstruir a Terra como uma gigantesca base militar. Você foi enviado de volta à Terra para realizar reconhecimento em "Shrak" e seu exército e relatar. Exceto que seu navio caiu e não o levará de volta tão cedo.