Levando os jogadores pelo arco da história de Naruto Shippuden, os guerreiros ninjas ousados devem recrutar estrategicamente os personagens de apoio certos para garantir a vitória contra todos e quaisquer oponentes. Com a combinação vencedora, os jogadores podem facilmente liberar Técnicas Especiais de Equipe maiores e mais explosivas para obliterar os inimigos que estiverem no caminho.

O modo de aventura do jogo abrange os capítulos 245 a 450 do mangá original. O capítulo 245, além de liderar o início de um novo arco de história, também marca o início do chamado arco do mito "Parte II", adaptado na televisão como Naruto: Shippuden. A história principal que se concentra em Naruto Uzumaki é contada em 8 capítulos, incluindo uma seção de prólogo. Limpar todos eles desbloqueia um capítulo adicional de "fragmento" detalhando a captura fracassada de Killer Bee por Taka, com base em vários capítulos de mangá não consecutivos de 404 a 417.