Essencialmente um clone do Super Metroid, mas para o dos. O jogador assume o papel de Killian Jaraad, um mercenário espacial em busca de sua filha sequestrada.

Os Xenos capturaram sua filha e a escravizaram junto com milhares de outros. Depois de anos de treinamento extenuante com os melhores mercenários do universo, você assume sua missão com uma vingança. O planeta mais perigoso, TALOS V, espera por você.