Há um total de sete estágios que variam de bosques, terrenos baldios, pântanos, templos e penhascos. Cada estágio começa com o jogador cortando seu caminho até o fim, até que ele confronta um chefe de nível. O ninja está sempre armado com a espada Nuvem Justa, que pode ser usada com fluidez para atacar em todas as direções. Armas extras incluem a Folha Redonda (shurikens), o Trovão de Bambu (bombas) e o Dragão Ascendente (kusarigama). Há também vários itens de poder, como um que libera vários fantasmas ninjas para ajudar o jogador.

O herói do jogo, Gekkou, é um jovem ninja que perdeu seu pai para uma misteriosa criatura meio homem, meio besta. O enredo de Ninja Spirit é baseado na busca de sua vingança em um Japão feudal alternativo.