A mais nova encarnação do jogo ocorre após Ripley e os Fuzileiros Coloniais sobreviventes deixarem o planeta LV426. Uma operação de limpeza liderada pelos fuzileiros coloniais retorna ao planeta para acabar com a população alienígena que devastou suas tropas anos antes. No jogo, os jogadores assumem o controle de uma das melhores armas do arsenal da Marinha Colonial, o Fuzil de Pulso M41A de 10 mm, por cima e por baixo, com um lançador de granadas de 30 mm

Anos depois de Alien3, dois esquadrões da Marinha Colonial são enviados de volta para a Hadley's Hope destruída em LV-426 para exterminar a presença alienígena. Ao chegar à colônia, os fuzileiros navais encontram não apenas os alienígenas, mas também um sistema de defesa com defeito. Eles finalmente conseguem destruir os geradores de energia do sistema e desligar o sistema. Os fuzileiros navais continuam sua missão, lutando contra os alienígenas e, eventualmente, são confrontados por sintéticos da Weyland-Yutani que foram reprogramados para capturar espécimes alienígenas e reutilizá-los como armas biológicas. Depois de lutar contra alienígenas e sintéticos, os fuzileiros navais encontram um sintético em um Power Loader armado com uma serra elétrica. Depois de despachar o sintético, os fuzileiros navais continuam sua missão e, eventualmente, descobrem um alienígena alado. Eventualmente, os fuzileiros navais "matam" o "dragão" e fazem o seu caminho para o coração da colônia. Lá, eles encontram a Rainha da Colmeia esperando por eles. Enquanto os jogadores distraem a Rainha, seus companheiros de esquadrão armam um dispositivo explosivo nuclear para destruir a colônia. Eventualmente, os jogadores derrotam a Rainha e começam a evacuar. Enquanto eles estão andando de elevador até a superfície, a Rainha, ainda não morta, os persegue e tenta matá-los. Os jogadores conseguem segurá-la e os fuzileiros escapam, deixando a Rainha presa na explosão. No entanto, vários Aliens se infiltram na nave dos jogadores, deixando o destino dos jogadores desconhecido.