O Vagalume do Pântano está morrendo e os sapos do Conselho Ancião pediram a Sapo para salvá-lo! Para fazer isso, Frogger deve empreender uma missão exaustiva para coletar os elementos sagrados necessários para manter o pântano vivo. Esses elementos foram roubados pelo malvado Sr. D e se espalharam por quatro mundos perigosos. Frogger deve viajar para cada mundo para recuperar os elementos roubados e derrotar os capangas malignos do Sr. D. Então e só então ele poderá entrar no Templo do Sapo para enfrentar o traiçoeiro Sr. D.