Pirate Hunter é um representante clássico do gênero First Person Shooter (FPS), usando um mecanismo gráfico original DIOsoft Engine. O jogo foi inspirado em Far Cry.

Nas profundezas do Pacífico Sul, as vias navegáveis vitais para o comércio internacional tornaram-se sem lei e repletas de piratas modernos. Para combater essa ameaça cada vez maior, uma equipe de mercenários chamada Peregrinos montou um negócio, vendendo seus conhecimentos e proteção para quem precisar. Seu mais novo recruta é Eddie Jackson, um EX-SEAL da Marinha dos EUA cuja esposa estava a bordo de um navio de cruzeiro sequestrado por forças desconhecidas. Nenhuma razão foi dada para o ataque, e nenhuma exigência de resgate foi feita. O Jogador assume o papel de Eddie, quando ele sai da aposentadoria em sua busca desesperada para encontrar e libertar a mulher que ama. O jogo segue sua busca enquanto ele luta ao lado dos Peregrinos contra as muitas facções piratas e terroristas diferentes que povoam a área, descobrindo lentamente pistas que o levam à sua amada e ao segredo que abala a terra por trás de seu desaparecimento.