Fullmetal Alchemist: Stray Rondo é um jogo de RPG para o Game Boy Advance publicado pela Bandai. É um dos dois jogos de FMA para o GBA que só foram lançados no Japão. Este é o primeiro jogo cronologicamente dos dois, sendo o segundo a Sonata das Memórias.

O jogo começa com os dois meninos [ Edward e Alphonse Elric] realizando uma Transmutação Humana para reviver sua mãe morta, o que resulta em fracasso e avança para sua missão envolvendo o falso profeta Cornello para encontrar a lendária Pedra Filosofal para corrigir as coisas que perderam em a falha da Transmutação Humana [o corpo de Alphonse e os membros de Edward]. Eles conseguem provar que ele é um vigarista, mas acham que a Pedra Filosofal é falsa. Os irmãos voltam para a Central para denunciar quando o trem é sequestrado pelo grupo de Bald, que ameaça com um refém. Os irmãos Elric resgatam a refém que se revela como Corniche Royce e descobrem que o chefe era apenas uma imitação de Careca. Os Elrics descobrem que a garota possui habilidade de usar alquimia de cura e está indo em direção à Central para o Exame de Alquimia Estadual. Corniche decide acompanhar Elrics, já que ela nunca viajou antes. O trem é atacado por uma Quimera e para em uma cidade chamada Viva. O trio resgata a cidade que está repleta de Quimeras, mas não consegue encontrar o culpado. Eles continuam sua jornada em direção à Central. Depois de chegar ao centro de Corniche, ela vai à sede militar para o exame, mas percebe que esqueceu sua redação. Enquanto ela insiste em sua participação, King Bradley aparece e estabelece uma condição para sua certificação - vencer o major Alex Louis Armstrong. Corniche falha e Edward é convocado pelo Rei Bradley para a missão de extermínio de Quimera em East City. Edward também recebe permissão para formar um 'Esquadrão Especial'. Depois de muita insistência de Al e Hughes, Edward concorda em recrutar o Major Armstrong e o Coronel Roy Mustang no esquadrão especial, embora ele despreze a ideia de trabalhar com os dois. O grupo leva o Major Armstrong da Central e se dirige para a Cidade Leste, onde o Coronel é designado e a missão a ser executada, mas no caminho o trem é sequestrado novamente pelo grupo real de Bald, que ameaça a vida de todos os passageiros. O grupo derrota os culpados e chega à Cidade Leste e viaja diretamente para o escritório dos Coronéis. O coronel Mustang se recusa a participar e parte para uma vigilância que deixa Edward mais determinado a recrutá-lo. O grupo persegue Mustang e o desafia com uma luta para decidir seu alistamento. Depois de ser derrotado, o Coronel é forçado a se juntar e o Tenente Riza Hawkeye se oferece para ajudar na segurança do Coronel. O Alquimista Estadual Tenente-Coronel Aston Martins, também conhecido como O Alquimista do Trovão, está alistado por insistência do Mustang. Mustang deixa sua papelada sobre o caso de East City Chimera para Havoc e segue para Redendo junto com o resto do grupo. O grupo resolve o caso de roubo na Redendo, mas vem de mãos vazias com sua verdadeira missão. De volta ao Grupo da Matriz Militar do Leste, fica sabendo de um caso de duas pessoas descritas como uma de armadura curta e outra de armadura, causando distúrbios em uma cidade chamada Solin. Na esperança de que isso levaria a algum tipo de pista para o caso Quimera e duvidoso de perpetuadores, o grupo de identidade viaja para Solin. Lá, o grupo descobre que as pessoas que causam problemas realmente se parecem com os Irmãos Elric e, de fato, também se chamam Elrics. Enfurecidos com o fato de seu nome ser desonrado novamente por impostores, os Elrics decidem pegar os charlatães. Uma vez que eles capturam e derrotam os impostores, o grupo descobre que são apenas manequins criados por alquimistas novamente e a alquimista não é outra senão uma jovem de 16 anos que revela seu nome como sendo Cate Rham. Cate faz um breve encontro com o grupo e depois foge dizendo que eles voltarão algum dia. Com as falsificações reveladas e ainda sem noção sobre o caso da Quimera, o grupo retorna à Sede Leste novamente. Uma vez de volta à Sede Leste, o grupo aprende sobre um alceísta excêntrico que vive em uma mansão que se presume possuir habilidades em alquimia corporal. Desconfiados, o grupo se dirige para a mansão do eremita e descobre que o homem estranho está realmente envolvido no caso de Quimera, mas antes que eles possam prendê-lo, eles são atacados por uma Quimera e o suspeito foge. O coronel entra em contato com o QG e descobre que o homem se chama Dalt Daimler e está indo em direção à cidade natal de Edward e Alphonse, Resembool . O grupo não consegue encontrar Dalt em Resembool, mas Ed recebe sua manutenção. O grupo segue em direção às ruínas perto de Resembool, onde é provável que Dalt esteja. Enquanto perseguem Dalt, o grupo se encontra com dois dos Homúnculos: Luxúria e Gula, que eles derrotam. Depois de derrotar os Homúnculos, Edward menciona sua suspeita a Alphonse sobre a presença da Pedra Filosofal em ruínas enquanto os homúnculos estavam por perto. No entanto, os irmãos concordam em manter essa teoria em segredo. O grupo encontra o cadáver de Dalt sem uma bolsa que Dalt estava carregando. O grupo segue em frente para descobrir o assassino que acaba por ser Randy, o ladrão de Redondo. O grupo derrota Randy e começa a interrogá-lo sobre a situação ao redor antes que Cate intervenha junto com um alquimista mascarado chamado Lincor, que o coronel Martin parece conhecer enquanto Licor pega a bolsa de Dalt de Randy e usa um tremendo poder para desencadear um poderoso ataque ao grupo e ganhar tempo suficiente para escapar com seu grupo. Ed conjectura que Licor estava usando uma pedra filosofal na bolsa de Dalt para exercer tal poder. Enquanto isso, Mustang e Martin discutem o quão estranhamente a presença de Linor se assemelha à do Alquimista Estatal Coronel Seraphy Royce. Mustang conta a Ed sobre a história de Seraphy Royce, que era um Alquimista Estatal de cura [O Alquimista de Sintonia] cuja qualificação estava prestes a ser tirada dele antes de ser dado como morto na Guerra de Ishval. O trio suspeita se ele foi o responsável pelo recente surto de Quimera e se Corniche Royce é realmente irmã de Lincor. O grupo recebe informações sobre o esconderijo dos Licors nos Esgotos da Cidade Leste e vai para lá. Embora não consiga encontrar Lincor, o grupo encontra os associados de Lincor, Cate e Randy, novamente e um homem com uma cicatriz na testa que alega vagamente transmitir o julgamento do deus. O coronel Martin está relutante em lutar contra seu "velho amigo", então ele sugere que o grupo recue, pois é improvável que encontrem Lincor. Enquanto o grupo está indo para o QG da Towrds, quando descobre sobre o ataque das Quimeras ao QG de Hughes. O grupo extermina os Quimera da base principalmente para proteger o livro de endereços do Mustang em seu escritório. Enquanto ainda está no escritório do Mustang, o grupo discute ainda mais o caso de Lincor, onde Corniche descobre sobre sua possível relevância para Lincor. Ed a encoraja a acreditar em seu irmão, o que Corniche aceita fazer. Depois que o grupo resgata o QG, Mustang é pego na papelada de restauração com Riza ao seu lado. Outros membros do miliraty também ficam noivos deixando Ed, Al, Corniche e o coronel Martin (como seu guarda-costas) para fazer uma pausa. O grupo decide passar a noite na pousada. Naquela noite, Martin pergunta a Edward por que ele é o Cão das Forças Armadas. Edward explica sobre sua falha na transmutação humana e sua determinação em restaurar o corpo de seu irmão mais novo. Corniche diz aos irmãos que acredita que eles conseguirão atingir seus objetivos e, em seguida, o grupo janta. No dia seguinte, o grupo decide voltar para a sede, pois pode haver novas informações sobre o caso de Lincor. Todo o grupo se reúne novamente e segue para um castelo no sudeste, onde os avistamentos de Lincor foram relatados. O grupo encontra Luxúria, Randy e Cate novamente, todos os quais eles derrotam novamente separadamente. No caminho para encontrar Lincor Mustang, ele menciona sua suspeita sobre Martin, que recusa abertamente a acusação. O grupo finalmente alcança Lincor. Ed provoca Lincor para revelar a Pedra Filosofal na bolsa, mas Lincor abre a bolsa e libera uma Quimera gigante final. A Quimera continua se regenerando . Sem outra opção à vista, Martin sacrifica sua própria vida para defender seu partido. Com um querido amigo sacrificado, Ed fica agitado e questiona os motivos de Lincors para ferir seu próprio amigo e irmã, ao que Lincor responde dizendo que algo valioso é um preço necessário para proteger algo e Martin foi tolo em não entender isso. Ed ataca Lincor, que deixa cair um medalhão que contém a foto dele e de Corniche. Corniche questiona Lincor se ele realmente é seu irmão que seguraria as palavras "Alquimista, Seja Tu para o Povo", querido, mas Linor se recusa sem rodeios a ter qualquer lembrança dela e ataca violentamente o grupo. O grupo derrota Lincor, mas ele se recusa a desistir. Ed resume todos os eventos e conclui que o poder que Lincor possui não é usando a Pedra Filosofal, mas trocando suas preciosas memórias com sua irmã. Licor faz uma última tentativa de aniquilar o grupo, fundindo-se com todo o castelo. Corniche lembrando as palavras de Martins para se manter forte para ser Alquimista de Estado cura todo o partido que emerge vitorioso novamente. Lincor recorda suas memórias remanescentes de sua mãe e o sentimento de que ele trocou tudo pelo bem-estar das pessoas morre confortavelmente. O grupo mais uma vez volta para o QG. De volta ao QG, o grupo se recupera da morte de seu ex-amigo e Corniche finalmente tem permissão para retomar o Exame de Alquimia do Estado. Corniche passa no exame e ganha o título de seu irmão 'O Alquimista da Sintonia'. Ela aceita de bom grado e decide que recompensaria os erros de seu irmão. A história chega ao fim com Corniche se separando dos irmãos Elric para sua cidade natal e todos os outros voltando às suas vidas normais.