Uma nova entrada na série Vandal Hearts, Flames of Judgement segue a história do jovem órfão Tobias Martin enquanto se une aos seus colegas de escola para ajudar a defender a sua terra natal contra um reino rival. A história funciona como um prelúdio para o Vandal Hearts original. O combate isométrico de marca registrada da série retorna, agora apresentado em 3-D com modelos de caracteres 3-D. Os jogadores tentam se posicionar taticamente para obter uma vantagem sobre inimigos mais fortes (ou mais numerosos). O combate ocorre em turnos, com cada lado movendo um personagem por turno. Cada membro do grupo pode carregar duas armas e alternar entre elas sem usar um "turno", permitindo que eles mudem rapidamente de uma espada para um arco de longo alcance, por exemplo. Os personagens ganham níveis através de batalhas bem-sucedidas e aumentam as perícias com uma arma ou magia específica usando essa arma ou magia em combate. Muitos compromissos se expandem além do simples combate, introduzindo algum tipo de elemento de quebra-cabeça, desde empurrar pedras até proteger os personagens dos atacantes. As missões também podem atualizar radicalmente seus objetivos à medida que o progresso é feito. Além do jogo padrão, também há vários finais e vários "mapas secretos" desbloqueados nos níveis regulares.