O Game Boy Advance traz o CT SPECIAL FORCES 3: NAVY OPS para os fãs do jogo de combate de ação vertical. Uma unidade militar especial chamada Forças Especiais de Intervenção tem apenas uma única missão - acabar com todas as organizações terroristas e outras ameaças ameaçadoras. A última ameaça tem a ver com o fato de que o inimigo tem em sua posse uma arma bioquímica que altera o DNA humano. Eles usaram esse produto químico para fortalecer a hostilidade e os genes atléticos para produzir uma espécie original de insurgente. As Forças Especiais de Intervenção Contra Terroristas são as únicas que possuem força e habilidade para esmagar esse novo adversário. Cada jogador é responsável por controlar seu membro das Forças Especiais do CT, à medida que cada missão se torna cada vez mais difícil. Na mais recente ameaça de terrorismo, a necessidade de soldados subaquáticos tornou-se uma necessidade. Com habilidades de mergulho, o jogador pode explorar várias regiões subaquáticas. O combate ocorre tanto na água quanto em terra, então o jogo apresenta ao jogador uma série de opções de veículos e armas. Cada habilidade é a mais sofisticada disponível e projetada para procurar e destruir o inimigo. O jogo leva o jogador através de 20 níveis que testam, desafiam e levam as Forças Especiais à vitória. Os fãs de jogos de ação de combate com um tom patriótico devem experimentar este jogo intenso.