Brain Drain é um jogo de quebra-cabeça em que o jogador tem que recriar um padrão, composto por diferentes símbolos como maçãs ou corações, que é mostrado no canto da tela. O campo de jogo principal consiste nos referidos símbolos, mas trocados aleatoriamente. O jogador controla uma moldura que inclui quatro dos símbolos. Ao pressionar um botão, os símbolos são girados no sentido horário em torno do quadro. Claro que os níveis têm que ser resolvidos dentro de um limite de tempo. Nos níveis de dificuldade mais altos, o jogador também tem que lidar com os chamados efeitos especiais que ocasionalmente entram em ação durante o jogo, por exemplo, alguns símbolos são ocultados por blocos "? ", os símbolos giram por conta própria ou os controles são invertidos. Três power-ups podem ser ganhos completando níveis de bônus ou terminando um nível muito rápido: relógio (para o tempo por 20 segundos), flash (pula o nível atual) e crédito (dá uma segunda tentativa depois que o tempo se esgota). O relógio e o flash devem ser ativados manualmente; os créditos são aplicados automaticamente. Além do modo de jogo regular, há também a "Corrida Cerebral" disponível, que envolve resolver um certo número de níveis (dependendo da dificuldade) o mais rápido possível.