O Ultimate Air Combat tem 36 missões diferentes, depois uma última missão final. Cada missão é agrupada em duas partes. A primeira parte usa uma visão do cockpit onde o jogador deve abater três aviões antes de ficar sem combustível ou ser abatido por aviões inimigos. Depois disso, a segunda metade da missão usa uma visão isométrica onde o jogador deve destruir forças e instalações inimigas.

A história começa quando a Casa Branca convoca uma reunião de emergência, onde eles revelam que o ditador militar Don Gwano está usando a alta receita de suas grandes exportações de petróleo para financiar seu grande exército e marinha. Ele agora está atacando países vizinhos e os conselheiros militares do presidente concordaram que é preciso tomar medidas. Em vez de uma invasão em grande escala, eles propõem uma tática de relâmpagos rápidos para eliminar sistemas específicos vitais para o regime militarista de Don Gwano. Como o melhor piloto nas forças armadas, o jogador é escolhido para realizar esses ataques.