Quando vimos Paul e Vince pela última vez, eles salvaram o coronel e estavam prestes a ir para casa em um avião especial dado a eles pelo general. Mas então, enquanto voa sobre o oceano, o céu de repente escurece - o oceano começa a se agitar - e o avião começa a girar! Uma voz estrondosa enche a cabine: "Ouçam-me, Guerreiros! Zang Zip, o Cão de Guerra, escravizou o povo da Terra. Só você pode nos salvar de suas garras do mal! - Presos em um túnel do tempo, lançados milhares de anos no futuro, Paul e Vince sabem que não têm escolha a não ser enfrentar esse desafio impossível de frente. Afinal, eles são profissionais... eles são os Guerreiros Ikari!

O objetivo é derrotar os alienígenas inimigos usando granadas e outras armas. A história começa diretamente no final de Ikari Warriors. Felicitados pelo General Kawasaki por resgatá-lo, Paul e Vince voltam para casa em seu país natal em um avião arranjado pelo general. Uma tempestade misteriosa aparece e eles são arremessados milhares de anos no futuro. Eles são recebidos por uma criatura alienígena que diz que o vilão Zang Zip assumiu a terra.