Em Sengoku 2, um guerreiro do futuro é convocado por uma princesa profética para o Japão feudal, onde um monarca maligno ganhou poderes sobrenaturais para controlar os mortos. O jogador deve lutar através de exércitos de almas reanimadas para restaurar a paz em uma terra onde os fracos foram vítimas dos fortes.

A história contada pela SNK é a seguinte: "Uma época de Sengoku, são os fracos se tornando vítimas dos fortes. Tudo começou quando um monarca recebeu poderes malignos. Ele despertou almas adormecidas pacificamente e usou seu poder para controlá-las. Mas havia esperança para aqueles que têm tudo tirado pelo monarca. Uma princesa olhou para o futuro e previu que um monarca maligno nasceria e sabia que um soldado forte apareceria no futuro. A princesa chamou o soldado com todo o seu espírito...!!"