Este jogo de quebra-cabeça direto desafia os jogadores a limpar sua grade de peças em queda, conhecidas como puyos, organizando quatro ou mais da mesma cor em linhas retas ou outros padrões reconhecidos. Seu elemento competitivo vem do fato de que limpar puyos envia peças de preenchimento aleatórias para a grade do oponente. Limpezas maiores geram mais preenchimento, aumentando a pressão sobre o jogador adversário. Uma rodada é ganha preenchendo a grade do oponente até o topo. O jogo também inclui uma estrutura narrativa leve para jogar sozinho ou multijogador.

Ao contrário do modo Cenário linear do primeiro jogo, *Tsu* centra-se num modo principal baseado na torre, no qual Arle Nadja seleciona os adversários através de um sistema de roleta. Cada andar tem um requisito de ponto de experiência que deve ser atendido para progredir. Se todos os oponentes em um andar forem derrotados antes de atingir esse alvo, um oponente extra final aparecerá. Se o total necessário ainda não for atingido após essa batalha, Arle é expulso da torre e o jogo termina.