Yugi e seus amigos estão presos em um mundo de realidade virtual enlouquecido. Como Yugi ou Kaiba, você deve formar uma equipe de três monstros para ocupar cidades em dois cenários diferentes e participar de batalhas estratégicas em equipe. Delegue comandos à sua equipe para conquistar cada missão. Durante a batalha, sua equipe pode realizar ataques e combos devastadores em grupo. Mais de 175 monstros da série animada de TV Yu-Gi-Oh! aparecem no jogo - e todos eles lutarão até o fim pelo controle de cada mapa.

O enredo de Yugi envolve Yugi, bem como Joey, Tristan Taylor e Téa Gardner sendo convidados para o teste do jogo de realidade virtual "Kingdom", criado pela empresa SIC. Quando eles entram no jogo, eles logo se encontram presos dentro dele, e eles devem convocar a ajuda dos personagens e monstros do jogo para derrotar o vilão do jogo, o Imperador Heishin, e, finalmente, parar os planos do designer do jogo, Scott Irvine, para controlar os três deuses egípcios Cartas. Em um ponto da história de Yugi, alguns de seus amigos sofrem lavagem cerebral e você deve lutar contra eles. O enredo de Kaiba apresenta Seto Kaiba e seu irmão Mokuba Kaiba, que também estão presos no jogo. Inicialmente, eles trabalham para o Imperador Haysheen (Heishin), mas Kaiba logo se volta contra o Império. Um evento climático em ambas as histórias ocorre quando Mokuba é sequestrado e Scott força Kaiba a lutar contra Yugi. No final de ambas as histórias, há um segmento ocorrendo dentro de uma sala secreta que leva do ambiente de fantasia do jogo ao funcionamento interno do computador que está executando o próprio jogo. Qualquer uma das equipes deve derrotar Scott Irvine, bem como o inimigo DarkNite, portador de uma das Cartas de Deus (Obelisco, o Tormento, na história de Yugi, Slifer, o Dragão do Céu, na de Kaiba). Depois de vencer uma história, o outro enredo se torna mais difícil, com monstros de nível mais alto; isso provavelmente se deve à capacidade de transferir estatísticas de monstros de uma história para a próxima. Neste modo mais difícil, há um vilão adicional, Nitemare, que tem a Carta de Deus no nível 99. O enredo de Joey é uma prequela do de Yugi e apresenta alguns personagens menores das outras histórias. Seu principal vilão é Marik Ishtar, que usa o Dragão Alado de Rá.