O jogo se passa 400 anos após o Unitron Biomotor. Kikou Seiki Unitron joga semelhante ao Unitron Biomotor com masmorras de cima para baixo e combate baseado em menu. O jogo exige que o jogador atualize seu robô unitron com várias armas e acessórios para competir contra vários inimigos dentro das áreas das masmorras. Usando um cabo de ligação, dois jogadores podem colocar seus unitrons uns contra os outros em uma batalha frente a frente.