Secret of the Pharaohs é um jogo de quebra-cabeça para dois jogadores. Cada jogador tem que encontrar a posição correta das pedras nas pirâmides do Faraó. A tela é dividida horizontalmente ao meio, e as pirâmides têm quatro blocos na camada inferior (ou superior para o jogador superior), três no meio e um na parte superior (ou inferior para o jogador superior). Cada bloco tem duas posições possíveis para colocar as pedras e, depois que os jogadores as colocarem, um número aparecerá acima (para o jogador para cima) ou abaixo (para o jogador para baixo), mostrando quantas delas estão colocadas corretamente. Os jogadores devem então realocar as pedras até que todas elas sejam colocadas corretamente. Quando isso for feito, a camada superior (ou inferior) de blocos será liberada. O jogador que primeiro colocar todas as pedras corretamente em todas as camadas ganha.