No primeiro jogo de Uncharted Waters, era o século XV e o Novo Mundo foi descoberto. Agora, em New Horizons, é o início do século XVI e a era da exploração e do comércio marítimo está em andamento. Os jogadores escolhem entre qualquer um dos seis aventureiros (cenários), cada um com seu próprio enredo distinto, mas entrelaçado, para embarcar em uma missão de vela, navegação e exploração. Os seis personagens são:João Franco é filho do duque Leon Franco, o herói do primeiro jogo de Uncharted Waters e um homem influente em Portugal. Seu pai quer torná-lo um homem forte e por isso decide mandá-lo para o mar. O jovem João é encarregado de aprender as habilidades do marinheiro (ele é o único personagem que começa no nível um) e embarcar em uma busca de descoberta; alcançando o extremo leste e, eventualmente, procurando o segredo de Atlântida. Catalina Erantzo é uma oficial da marinha espanhola que acredita que o seu amado e o seu irmão foram assassinados pela armada portuguesa. Jurando vingança, ela se volta para uma vida de pirataria e logo se torna um flagelo dos mares. Pietro Conti é um homem endividado, tendo herdado os problemas financeiros da família Conti. Quando a duquesa Franco o contrata para espionar seu filho, ele aceita o trabalho e obtém um navio. Pietro espera usar esses recursos para procurar tesouros valiosos e pagar a dívida de sua família. Ernst Von Bohr é um geógrafo que está dando aulas na Holanda. Mas ele anseia por sair da sala de aula e navegar em alto mar, vivendo uma vida de aventura sobre a qual só leu em livros. Quando seu amigo, Mercator, se oferece para financiar sua viagem inicial em troca de informações cartográficas sobre o mundo, Ernst tem a oportunidade de viver seu sonho. Ali Vezas é uma criança órfã pobre que vive em Istambul e serve os outros. Ele sonha em se tornar seu próprio mestre e fazer sua própria fortuna em terras estrangeiras. Uma reviravolta do destino ajuda a fornecer-lhe pequenos empréstimos, com os quais ele é capaz de pagar seu primeiro navio e navegar com um porão de carga cheio de mercadorias... Otto Baynes se intitula Cavaleiro Real do Império Britânico, a serviço de sua majestade, o rei. Promovido a Almirante da frota britânica, o reino está preocupado com o aumento do poder naval das frotas espanholas. Otto recebe uma carta de demarcação do rei e é ordenado a aterrorizar a Frota Espanhola. Equipando-se simplesmente no início, Otto se esforça para se tornar um grande Corsário em nome do Rei e da Pátria. Independentemente do personagem escolhido, Uncharted Waters: New Horizons é uma simulação de navegação de cima para baixo. No mar, os jogadores controlam a direção de seu navio, onde a velocidade é afetada pelo número/saúde da tripulação, pelo vento e pelas correntes. Os jogadores podem navegar em qualquer lugar onde haja água (embora alguns navios não sejam dignos do oceano) e descobrir pontos de referência interessantes e novos portos. Ao desembarcar em um porto, a vista também é de cima para baixo e o jogador pode entrar em diferentes edifícios, cada um com serviços e bens exclusivos. Estes incluem: A Pousada, a Loja de Itens, o Estaleiro, a Taverna, o Castelo, o Salão da Guilda, a Igreja, o Comerciante e o Porto. Cabe ao jogador ganhar ouro suficiente para manter a tripulação alimentada e financiada e manter a frota reparada. Os principais métodos de ganhar dinheiro são através do comércio marítimo, aceitando trabalhos da guilda, jogos de azar e batalha com outros navios. Durante o combate naval, o jogo se torna um jogo de estratégia de cima para baixo baseado em turnos, com o jogador movendo navios para obter trajetórias necessárias para disparar canhões em navios inimigos ou correr ao lado de navios inimigos para abordá-los. Se o carro-chefe do jogador atacar o carro-chefe da frota inimiga, ele pode desafiar o oponente para um duelo. Se aceito, o jogo muda para uma visão lateral dos dois capitães envolvidos em uma luta. Durante esta sequência, o jogador só pode escolher em qual manobra de luta (golpe, impulso, aparar, chicotear) deseja se envolver.