The adventure in Heroes VI, starting 400 years before events in Heroes V, catapults a family of heroes into a fast-paced epic story where Angels plot to end -- once and for all -- an unfinished war with their ancient rivals, the Faceless. A legendary Archangel General is resurrected, but with his powers crippled. Plagued by horrible memories of the Elder Wars, he plots to recover his powers and take control of Ashan while destroying both Faceless and Demons in a series of carefully orchestrated attacks and betrayals. He underestimates, however, the power of the all-too-human Griffin dynasty.

Na guerra eterna entre os orcs e o Império Griffin, liderada pelo duque Pavel Griffin, Toghrul, um xamã orc, convoca os demônios para ajudá-lo e sua tribo a se livrar de Pavel. Os demônios então dominam Pavel e o matam, mas sua irmã, Sveltana (uma necromante disfarçada) é capaz de prender a alma de Pavel na espada familiar Griffin com a qual ele lutou. No entanto, antes que ela possa intervir, um Anjo desce e rouba a espada. Counseled by Angels in the impending war against the demons, Emperor Liam Falcon posts a decree enabling Duke Gerhart of the Wolf duchy to exterminate Orcs in the Empire. O duque Slava, filho de Pavel, retalia em solidariedade aos orcs, e as forças briguentas dos duques fazem com que o arcanjo Uriel - irmão de Miguel - intervenha. Uriel decide que a filha mais velha de Slava, Irina, deve ser prometida a Gerhart para forçar uma paz duradoura. Uma década se passa e Sandor descobre que Irina foi presa nas prisões do Ducado dos Lobos por ferir Gerhart. Ele desperta um exército de orcs para libertar sua meia-irmã, e os renegados fogem para o Oceano de Jade, onde Sandor deixa Irina em Hashima e parte. Irina rapidamente faz amizade com o nativo Naga e os ajuda a destruir um porto comercial do Lobo, antes de descobrir que está grávida do filho de Gerhart. Gerhart acusa Slava de orquestrar o ataque de Sandor, e os dois duques são chamados diante do Imperador, onde a filha de Slava, Anastasya - pupila e amante de Uriel - mata Slava com uma faca escondida diante da corte. Anton é coroado Duque, mas a inquisição tenta forçar uma confissão de Anastasya, temendo que ela esteja em aliança com os Sem Rosto; Anton opta por sacrificar sua irmã antes que ela possa ser torturada. Ele descobre que Jorgen - um dos ex-assessores de Slava - é um Sem Rosto disfarçado, mas não o assassino de Slava, enquanto Anastasya é ressuscitada por Sveltana como um morto-vivo. Resolving to learn who manipulated her into slaying her father, she frees Jorgen from the inquisition before traveling onward to Heresh with her aunt. Meanwhile, Kiril finds himself abandoned in Sheogh by his mentor, the Archangel Sarah, with the soul of a demon prince sharing his body. Desesperado para expulsar o demônio, ele persegue Sarah quando uma invasão demoníaca renovada começa. Sveltana é sequestrada pela rival de Anastasya, Miranda. Suspeitando dela do assassinato de Slava, Anastasya mata Miranda, e ela explica que Anastasya foi controlada com um pente fortalecido pela magia Sem Rosto. Irina saqueia o ducado Lobo, matando Gerhart, e ela e Sandor dedicam seus recursos à erradicação dos demônios. Michael despacha Anton para ajudar Gerhart contra os Naga, mas Anton logo descobre que o Duque já foi morto. Usando o pente, Anastasya entra na mente de seu traidor: Uriel, que procurou usar sua alma para reencarnar sua mãe. Enfurecida, Anastasya destrói a mente de Uriel, e tanto ele quanto o Imperador Liam são mortos em batalha, deixando Anton para eliminar os demônios restantes. Kiril finalmente apreende Sarah, que revela que vendeu a alma de Kiril aos demônios para aleijar os Sem Rosto, destruindo seu repositório de conhecimento; Kiril usurpa o repositório e se liberta da posse, enquanto Sveltana descobre que a alma de Pavel foi usada para ressuscitar Michael. Com os demônios superados, Michael apela aos herdeiros Griffin para ajudá-lo a terminar sua guerra contra as trevas. Se o alinhamento do herdeiro escolhido pelo jogador for Lágrimas, o herdeiro rejeita os apelos de Michael às armas e lidera exércitos contra os Anjos, ao lado de Cate. Michael é morto em batalha e Cate consegue enviar as almas dos Anjos falecidos restantes para Elrath, mas o ritual acaba resultando em sua morte. Alternativamente, se o alinhamento do herdeiro for Sanguinário, eles lançam uma ofensiva contra Cate, patrocinada por Michael, e conseguem matá-la para aparentemente evitar o conflito iminente. Em ambos os casos, os Griffin lamentam a morte de Cate e a enterram com Slava, enquanto Jorgen conspira com o Elfo Negro Raelag para instigar a guerra contra Elrath na sequência de sua ausência.