XCOM 2: Guerra dos Escolhidos adiciona novos conteúdos extensos na luta contra o Advento quando facções de resistência adicionais se formam para eliminar a ameaça alienígena na Terra. Em resposta, um novo inimigo, conhecido como "Escolhido", surge com um objetivo: recapturar o Comandante. Esta expansão inclui novas classes de Heróis para combater os “Escolhidos”, novos inimigos, missões, ambientes e maior profundidade na jogabilidade estratégica.

O jogador assume novamente o papel do Comandante, que até recentemente havia sido colocado em estase alienígena para que eles fizessem uso de seu pensamento estratégico através de um implante cerebral. Depois que o Comandante é resgatado pelo Oficial Central Bradford, a XCOM lança um ataque a um comboio alienígena e rouba um núcleo de elério usado para alimentar o Vingador, uma barcaça de suprimento alienígena que foi convertida na base móvel da XCOM. [14] No Vingador, o Comandante tem o apoio do desonesto cientista do ADVENTO Dr. Richard Tygan, substituindo o agora desaparecido Dr. Vahlen, e a Engenheira Chefe Lily Shen, filha e sucessora do agora falecido Dr. Raymond Shen, com quem o Comandante estava familiarizado no jogo anterior. No entanto, desta vez há um novo conjunto de alienígenas inimigos chamados de Escolhidos, três guerreiros alienígenas de elite encarregados pelos Anciões de derrotar XCOM e recapturar o comandante; o Assassino, que usa furtividade e é capaz de sequestrar os soldados do jogador diretamente do campo de batalha, o Caçador, um alienígena-humano híbrido que usa rifles de longo alcance, e o Bruxo, que usa poderes psiônicos e pode convocar inimigos adicionais durante a batalha.