A jogabilidade é dividida em quatro temporadas de 30 dias para compensar um ano. Cada dia dura aproximadamente quinze minutos. Ao contrário de seu antecessor, Harvest Moon DS: Island of Happiness, o jogador não se limita a controlar o jogo com a tela sensível ao toque. Falar com outros personagens dentro do jogo é ativado tocando no personagem ou pressionando o botão A enquanto estiver de frente para ele. O botão B pode ser pressionado enquanto direciona seu personagem para levá-lo a uma corrida. Embora o jogador agora possa usar os botões, o antigo sistema de controle touchscreen ainda está intacto.

Bem-vindo às Sunshine Islands, uma cadeia de ilhas repleta de vida. Alguns dizem que as ilhas não são tudo o que já foram. Muitos anos atrás, um grande desastre se abateu sobre as ilhas. Poderia haver uma maneira de restaurá-los? Talvez você possa descobrir, Jogador! As ilhas estão em perigo! Anos atrás, um poderoso terremoto atingiu as Ilhas do Sol. Em Harvest Moon: Sunshine Islands, cabe ao jogador elevar as ilhas submersas encontrando as Pedras Solares mágicas.