Semelhante à temporada anterior, The Walking Dead: Season Two é um jogo de aventura point-and-click. O jogador, no controle de Clementine, pode direcionar o personagem ao redor do ambiente, examinar e interagir com vários elementos do cenário e coletar e usar objetos para avançar a história. O jogador também pode iniciar conversas com personagens não-jogadores através de árvores de conversa. Certas respostas de outros personagens podem oferecer ao jogador várias opções, incluindo a opção de ficar em silêncio, com uma quantidade limitada de tempo para fazer uma seleção; se o jogador não selecionar uma opção, a conversa continuará como se ele tivesse ficado quieto. Tais escolhas podem afetar como os outros personagens reagirão mais tarde a Clementine, o que pode influenciar os eventos posteriores da história. Outras cenas são mais orientadas para a ação, exigindo que o jogador conclua eventos rápidos para evitar que Clementine ou seus aliados sejam mortos. Se o jogador falhar nesses eventos, o jogo será reiniciado no início dessas cenas. Tais cenas de ação também podem exigir que o jogador tome uma decisão importante dentro de um período de tempo limitado, como qual de dois personagens salvar de ser atacado por caminhantes.

The Walking Dead: A segunda temporada continua a história de Clementine, uma jovem órfã do apocalipse dos mortos-vivos. Deixada para cuidar de si mesma, ela foi forçada a aprender a sobreviver em um mundo enlouquecido. Muitos meses se passaram desde os eventos vistos na primeira temporada de The Walking Dead, e Clementine está em busca de segurança. Mas o que uma criança comum pode fazer para se manter viva quando os vivos podem ser tão maus – e às vezes piores – do que os mortos? Como Clementine, você será testado por situações e dilemas que testarão sua moral e seu instinto de sobrevivência.