O jogo é feito através de uma interface de apontar e clicar. Os jogadores devem visitar vários locais dentro da cidade fictícia de Harvest, o que pode ser feito através de um mapa aéreo. Ao falar com várias pessoas da cidade e clicar em "hotspots" especiais, os jogadores podem aprender informações e coletar itens que progridem a história e o jogo do jogo. Harvester também possui um sistema de luta onde os jogadores podem atacar outros personagens selecionando uma arma e clicando no alvo. Tanto o alvo quanto o personagem do jogador têm uma quantidade limitada de vida disponível, permitindo que o jogador ou o alvo morram. Os jogadores podem optar por progredir no jogo resolvendo quebra-cabeças ou matando um dos personagens não jogáveis.

O jogo é estrelado por Steve, que acorda com um caso de amnésia em uma cidade estranha em 1953 chamada Harvest. Ele não consegue se lembrar de nada de seu passado e quando diz às pessoas que afirmam ser sua família, bem como aos habitantes da cidade, todos lhe dizem que ele é um brincalhão. Todos os habitantes da cidade são extremamente excêntricos e muitos parecem ser mais uma sátira ou estereótipo do que pessoas reais. Todos eles enfatizam continuamente a Steve que ele deve se juntar à Loja, que é um grande edifício localizado no centro da cidade que serve como sede da Ordem da Lua da Colheita. Steve visita o Sargento de Armas da Loja, que lhe diz que todas as suas perguntas serão respondidas dentro do prédio. Para entrar, ele deve primeiro se juntar à Ordem da Lua da Colheita. Mas para se juntar, ele deve realizar uma série de tarefas que variam de simples vandalismo a incêndio criminoso para sua iniciação.