Mate os inimigos no silêncio do momento. Corra pelo mundo de Shinobi cheio de monstros e ações ninja. Pegue Oborozuki, a espada lendária, e mate o mal mais uma vez. Seu clã e o mundo estão contando com você.

O mundo está sob a bota da Ene Corporation, uma organização paramilitar implacável liderada pelo enigmático Lorde Ruse. A única força ainda capaz de resistir é o Oboro, um clã de shinobi místicos que guardam a humanidade há séculos sob seu líder, Joe Musashi. Quando Ene invade a Vila Oboro e mata quase todo o clã, Musashi confronta Ruse e seus tenentes, mas fica com apenas um punhado de sobreviventes. Impulsionado pela dor e fúria, ele atravessa um mundo hostil em uma busca implacável por vingança contra Ruse e a corporação que destruiu sua casa.