Embora o Pokémon Stadium 2 tenha um enredo, o progresso no jogo pode ser feito vencendo Copas no Estádio e completando o Castelo do Líder do Ginásio. Quando todas as Copas forem ganhas e o Castelo do Líder do Ginásio concluído, o Rival do jogador aparecerá. Derrotar o Rival desbloqueará a Rodada 2, na qual o jogador deve desafiar novamente o Estádio, o Castelo do Líder do Ginásio e o Rival para completar o jogo. Mas, eles têm Pokémon diferentes e a dificuldade é muito maior. Estádio: O jogador começa escolhendo 6 Pokémon diferentes. Existem 250 Pokémon diferentes para escolher; incluindo alguns Pokémon lendários. Os torneios Pokémon acontecem no Estádio. Há quatro Copas para participar. Cada ronda consiste em oito batalhas, e cada Taça, exceto a Taça Pequena e a Taça Principal, consiste em quatro rondas, com o nome de Pokébolas, que devem ser eliminadas para ganhar essa Taça.