O Chocobo de FINAL FANTASY estrela uma aventura totalmente nova! Em busca de um tesouro, Chocobo e Mog encontram mais do que esperam. Juntamente com outros personagens de FINAL FANTASY, Chocobo deve derrotar inimigos e desvendar os segredos de um amigo enquanto explora uma série de masmorras misteriosas. Os jogadores podem combinar armaduras ou armas para formar recursos mais fortes em sua missão. Há também penas mágicas que podem ajudar em seus esforços, uma vez que permitem que os jogadores realizem feitiços mágicos que têm um impacto no combate. Entre suas viagens pela masmorra, os jogadores podem explorar aldeias para obter pistas valiosas para a jornada. Além disso, os jogadores podem usar esse tempo para atualizar o inventário do Chocobo.

Após as aventuras do primeiro jogo Chocobo Dungeon, Chocobo e Mog continuam a procurar tesouros. Um dia, Mog descobre uma nova Masmorra Misteriosa e leva o tesouro de dentro. Isso libera um selo que faz com que o Bahamut apareça assim que a masmorra mergulha no oceano. Chocobo é resgatado por um jovem mago branco, Shiroma, que é o único humano que vive na aldeia dos monstros. Chocobo deve ajudar Mog, encontrar Bahamut e consertar o que foi desvendado da Masmorra Misteriosa.