Marisa Matrix é um Bullet Hell desenvolvido pela Y-NRG, um círculo doujin anteriormente conhecido pelo jogo de tiro Reincarnation. O jogador assume o papel de Marisa Kirisame, que dispara através dos estágios disponíveis usando a arma principal, a arma secundária e um suprimento ilimitado de bombas gravitacionais. O jogador pode usar o foco que retarda o movimento do jogador, torna a caixa de colisão visível e concentra o ataque do jogador na arma secundária. Para ativar a bomba de gravidade, o medidor de gravidade deve atingir 100% e o jogador deve segurar o botão da bomba até que o medidor seja esvaziado. Quando ativada, uma explosão danifica todos os inimigos na tela e destrói todas as balas inimigas na tela. Cada nível termina com uma luta contra um chefe e o jogo começa com três vidas, mas a opção de continuar não é dada quando todas as vidas são perdidas.