A Ape Escape Academy vê você assumindo o papel de um dos macacos atrevidos da série Ape Escape. Escolha seu chimpanzé e prepare-se para enfrentar várias classes no Modo Academia. Cada 'classe' é na verdade um mini-jogo. Seu objetivo é completar o maior número possível de mini-jogos na grade 9x9 e marcar o maior número de linhas possível (como Noughts e Crosses). Os mini-jogos variam de questionários alucinantes a jogos esportivos malucos, até simplesmente tolos, como proteger uma banana assada de macacos que se aproximam ou voar pelo céu entregando pára-quedas a primatas em queda livre.