O jogador lidera uma equipe de quatro homens (três companheiros de equipe controlados por IA) dos SEALs da Marinha dos Estados Unidos em 12 missões em quatro regiões: Alasca, Tailândia, Congo e Turcomenistão nos anos de 2006 e 2007. Nas missões single player, os comandos podem ser falados usando o fone de ouvido USB incluído ou por meio de um menu na tela se o fone de ouvido SOCOM opcional não tiver sido adquirido. As missões típicas consistem em matar terroristas, resgatar reféns, recuperar informações ou destruir bases terroristas. O codinome do personagem do jogador é Kahuna, enquanto os codinomes dos companheiros de equipe do NPC são Boomer, Spectre e Jester. A equipe é dividida em dois subgrupos, Alpha e Bravo. O grupo Alfa é composto pelo jogador e Boomer, enquanto os dois restantes compõem Bravo. Os comandos podem ser emitidos para indivíduos e um grupo inteiro, por exemplo, é possível pedir à equipe Bravo para permanecer parada enquanto o jogador está explorando a área com Boomer. No entanto, o jogador não pode se aventurar sozinho através de um mapa, quando Kahuna estiver muito longe de Boomer, ele continuará automaticamente seguindo o jogador, independentemente de ordens anteriores. Briefings e informações, como mapas e fotos, são fornecidos antes de cada missão.