O mais novo capítulo da história de Paper Mario não é apenas fora deste mundo... é fora desta dimensão. O que à primeira vista parece ser um side-scroller 2D arrancado diretamente das páginas estilizadas do universo Paper Mario logo se transforma em um hilário jogo de plataforma que muda de dimensão, possível apenas no Wii.

Mario e Luigi estão desfrutando de uma tarde preguiçosa em sua casa quando ouvem a terrível notícia: a Princesa Peach foi sequestrada. Os dois irmãos Mario vão direto para o castelo de Bowser para recuperá-la, mas Bowser está tão surpreso com o sequestro de Peach quanto eles. Naquele momento, um estranho vilão de cartola aparece e sequestra todos, menos Mario. O misterioso vilão então força Peach e Bowser a se casarem, criando uma fenda de energia escura que ameaça destruir o universo. Apenas Mario pode salvar o dia, mas ele não pode fazer isso sozinho.