O enredo do Código de Avalon, bem como a jogabilidade, gira em torno do Livro da Profecia situado na tela inferior sensível ao toque do Nintendo DS. Para registrar uma pessoa, monstro, planta ou arma em suas páginas, o jogador realiza uma “Varredura de Código”, que é feita atingindo o alvo a ser registrado com o próprio Livro (mapeado para o botão B em todos os momentos). A história gira em torno de um jovem camponês que tem sido atormentado com pesadelos proféticos por semanas antes do início da história. Seu último sonho, mostrado na abertura cinematográfica, apresenta uma voz misteriosa que revela não apenas que o mundo do protagonista passou por inúmeras reencarnações no passado e está fadado a continuar o ciclo de correção, destruição e renascimento até que a "verdadeira iluminação" seja alcançado, mas também que o próprio personagem principal foi encarregado pelos Poderes-Que-Será de considerar as pessoas, lugares e coisas do mundo atual dignas (ou indignas) de serem transportadas para o próximo após o expurgo ardente.