Este jogo beat-em-up de rolagem lateral é uma homenagem aos clássicos coin-op que fizeram as lendas dos videogames Turtles. As Tartarugas voltam para limpar as ruas cheias de crime de Nova York. Shredder está prestes a dominar a cidade - e só você pode reunir o poder dos irmãos ninja para acabar com a ameaça no presente e no futuro...

O enredo do jogo parece vir em algum momento após a conclusão de TMNT: Back to the Sewer, embora existam algumas pequenas inconsistências que o impedem de ser canônico para o programa. O Destruidor Cibernético retornou, desta vez em um futuro distante. Ele enviou um Golden Cyber Foot de volta ao passado para testar um dispositivo de viagem no tempo. As Tartarugas então partem em uma aventura para impedir que o Cyber Shredder chegue ao presente. Ao longo do caminho, eles derrubam muitos Dragões Roxos, Ninjas do Pé e alguns vilões conhecidos da TMNT. Todas as cut-scenes dos jogos foram escritas por Sam Regal, que também dubla Donatello.