Em Hydrophobia, o jogador assume o papel da engenheira Kate Wilson, que trabalha no navio de cruzeiro Queen of the World. Infelizmente, os terroristas assumiram e colocaram bombas em todo o navio e, depois de detoná-las, o caos se solta. Agora Kate tem que lutar por sua vida. Neste ambiente, a água desempenha um papel importante e enfatiza a representação realista da água. A água é o principal componente em muitos dos quebra-cabeças do jogo em que Kate usa seus poderes cinéticos, ganhos no segundo tempo. Outros quebra-cabeças envolvem o uso de um dispositivo universal para hackear instalações de segurança (como um minijogo) ou descobrir códigos para abrir portas. Elas estão escritas em uma fonte invisível nas paredes e precisam ser visíveis com sua ferramenta. O resto do jogo consiste em trechos de escalada e tiroteios com terroristas. Aqui, o jogo usa um sistema de cobertura tradicional e cinco tipos de munição.