Fort Commander é uma reviravolta no clássico gênero de defesa de torre ambientado no período de conquista dos Mongóis. Você desempenha o papel de comandante do exército Mogul. Você deve derrotar dois reinos opostos - Lodi e Sur - em um total de 14 missões, incluindo duas de Assalto e duas de Sobrevivência. A jogabilidade é construída em torno da estratégia para expandir e controlar o império Mogul. No modo Campanha, você defende sua torre até que a população inimiga esteja esgotada e, em seguida, conquista sua torre. No modo Assalto, você carrega a torre inimiga até esgotar sua população. No modo Sobrevivência, você resiste o maior tempo possível contra uma força inimiga cada vez maior.