É um novo ano na Duel Academy e os alunos estão animados para começar a escola. Você é colocado no Dormitório Vermelho Slifer e, logo após o início do ano letivo, coisas estranhas começam a acontecer. Assim que essas ocorrências estranhas começam, você começa a ouvir a voz do duelista espiritual. Este espírito é um bom espírito e irá ajudá-lo a duelar e resolver os mistérios que cercam a Academia do Duelo. Duelos em todo o mundo através da Nintendo Wi-Fi Connection. Inclui mais de 1.500 cartas. Crie e edite a aparência do seu personagem. Cada jogo inclui três cartas comerciais exclusivas.

O jogador está em um navio, a caminho da Duel Academy, com seus amigos Jaden Yuki e Syrus Truesdale. O jogador é colocado no dormitório Slifer Red e, logo depois, coisas estranhas começam a acontecer. Assim que essas ocorrências estranhas começam, você começa a ouvir a voz de um espírito de duelo. Este espírito é um bom espírito e irá ajudá-lo a duelar e resolver os mistérios que cercam a Academia do Duelo. A história segue vagamente os eventos do anime, apenas o jogador se passa nos duelos de Jaden. Como Dimitri roubando o Deck de Yugi e o jogador o recuperando. O jogo cobre principalmente o anime, desde o início até o arco Dark Zane. Como o jogo é baseado no anime, alguns personagens principais e secundários aparecerão. Também inclui muitos personagens exclusivos do Espírito Chamador; eles são apresentados como personagens secundários. Mais tarde, você duelará com todos os 7 Cavaleiros das Sombras e outras partes da Primeira Temporada, então você entrará em um torneio depois.