Medarot 5 segue as aventuras de Koishimaru Tensan, que recentemente se mudou para a pequena cidade de Susutake. Koishimaru recebe um novo Medarotch e conhece um menino chamado Yamato Shijimi, mas seu Medarotch quebra depois que ele é empurrado para o esterco de vaca. Mais tarde, ele encontra um Medarotch e um Medarot Chrotojil abandonados dentro de uma árvore e é forçado a ativá-los em um Robottle repentino.