Um RPG hack-and-slash com um narrador reativo, várias armas desbloqueáveis, upgrades de armas, mini-jogos de prática e modificadores de dificuldade opcionais, ambientado em um mundo imaginário após um apocalipse incerto, no qual o jogador encarna um adolescente com um passado conturbado enquanto ele e o narrador trabalham juntos para reconstruir o mundo a partir de um centro persistente chamado Bastião.

O jogo se passa no rescaldo da Calamidade, um evento catastrófico que de repente fraturou a cidade de Caelondia, bem como as áreas circundantes do mundo do jogo em muitas peças flutuantes, interrompendo sua ecologia e reduzindo a maioria de seu povo a cinzas. Os jogadores assumem o controle do Garoto, um protagonista silencioso que acorda em uma das poucas peças restantes do velho mundo e parte para o Bastião homônimo, onde todos deveriam ir em tempos difíceis. O único sobrevivente que ele encontra lá é um homem idoso chamado Rucks, o narrador do jogo, que o instrui a coletar os Núcleos que outrora alimentaram Caelondia. Um dispositivo no Bastião pode usar o poder dos Núcleos cristalinos para criar massas de terra e estruturas, bem como permitir que o Garoto viaje para mais longe através de "skyways" que o impulsionam pelo ar. Durante sua missão, o Garoto encontra mais dois sobreviventes: Zulf, um embaixador dos Ura, pessoas que moram no subsolo com quem Caelondia já esteve em guerra; e Zia, uma garota Ura que foi criada em Caelondia. Ambos retornam ao Bastião, mas ao ler um diário que o Garoto descobre, Zulf danifica intencionalmente partes do dispositivo central do Bastião (o monumento) e retorna ao território de Ura. O Garoto descobre que o diário pertencia ao pai de Zia, Venn, que havia trabalhado para os Caelondianos. Ele ajudou os cientistas de Caelondian ("Mancers") a construir uma arma destinada a destruir completamente os Ura para evitar outra guerra. Venn armou a arma para sair pela culatra, de modo que, quando finalmente foi forçado a acioná-la, a Calamidade resultante também destruiu a maior parte de Caelondia. Para reparar o dano de Zulf ao Bastião, o Garoto começa a coletar Fragmentos, uma forma menor de Núcleos. Ao obter o penúltimo fragmento necessário, os Ura atacam o Bastião, danificando-o e sequestrando Zia. Nos sete dias seguintes, The Kid se envolve em escaramuças esporádicas no território de Ura. Quando ele finalmente atravessa um posto avançado de Ura e encontra Zia, ela diz a ele que partiu com os Ura voluntariamente para descobrir suas intenções; Rucks já havia dito a Zia que o Bastião tinha a capacidade de consertar a Calamidade de alguma forma. O Garoto viaja para a outrora subterrânea terra natal dos Uras para recuperar o último fragmento. Lá, ele descobre que Zulf está sendo atacado por seu próprio povo: a batalha com Kid devastou as forças Ura, e eles culpam Zulf por trazer o Kid para sua casa. O Garoto pode optar por largar sua arma para ajudar Zulf ou deixá-lo. Se ele deixar Zulf para trás, o Garoto destrói os restos dos Ura e escapa por uma passagem do céu. Se ele optar por carregar Zulf, os arqueiros Ura inicialmente abrem fogo contra eles, mas no final cessam o fogo e observam silenciosamente enquanto Kid e Zulf tomam o caminho do céu de volta ao Bastião. Depois que o Garoto retorna e se recupera, Rucks lhe dá outra escolha: ele pode ter o tempo de retrocesso do Bastião para antes da Calamidade, na esperança de evitá-la, ou usá-lo para evacuar os sobreviventes e seguir para um lugar seguro. Rucks não tem certeza se há alguma maneira de evitar que a Calamidade volte a ocorrer se o tempo for rebobinado, pois não havia como testar o processo. O jogo termina de qualquer maneira, mostrando imagens dos personagens (com a inclusão de Zulf se o jogador escolher resgatá-lo) voando para longe ou de suas vidas antes da Calamidade junto com os créditos. No modo Novo Jogo+, que é desbloqueado depois de vencer o jogo uma vez, é sugerido que restaurar o mundo não impediu a Calamidade.