Shadow Squadron é um jogo de tiro espacial 3D. O jogador controla um caça espacial em uma série de batalhas contra enormes naves inimigas. Existem 2 tipos diferentes de navios para voar e 6 missões diferentes. Na maioria das missões, o jogador tem que destruir vários locais em uma grande nave para explodir tudo. Existem duas maneiras de jogar o jogo. Primeiro, pode-se controlar diretamente o navio e manobrá-lo em torno dos ambientes de polígonos 3D. Em segundo lugar, o jogador pode deixar o 32X voar e simplesmente controlar uma torre de arma.

Um adversário (que não é nomeado) parece estar à altura de seus velhos truques, transmitindo transmissões codificadas e exercendo flores de energia de uma série de grandes naves. Um Portal de Aceleração ainda não está totalmente montado, então forças adicionais não podem ser movidas rápido o suficiente para interceptar, deixando o jogador como a única oposição contra a armada inimiga.