Aliens Versus Predator 2: Primal Hunt narra a violação inicial que levou aos eventos em Aliens Versus Predator 2, especificamente, a destruição do Research Pod 5. A história se passa em nove missões no total, com três por espécie (Predator, Predalien e Corporate). Cada um dos três personagens jogáveis está pronto para recuperar um artefato misterioso com o poder de confundir e repelir os Aliens. Os novos recursos do jogo incluem a capacidade de jogar como um híbrido Predador-Alien mais resistente no modo single e multiplayer, uma nova arma "energy flechette" para o Predador e um novo rastreador de movimento de 360 graus e armas de sentinela implantáveis para os humanos. O modo multijogador inclui quatro novos mapas Deathmatch e a capacidade do Predador de ativar uma bomba de autodestruição de curto alcance quando quase derrotado. Uma cópia do Aliens Versus Predator 2 original é necessária para jogar Aliens Versus Predator 2: Primal Hunt.