The Legend of Heroes: Zero no Kiseki é o quarto capítulo da série principal de Kiseki, servindo como uma sequência direta dos eventos do arco Liberl e o início do arco Crossbell. O jogo segue Lloyd Bannings e seus colegas Elie MacDowell, Randy Orlando e Tio Plato. Os quatro formam a Seção de Apoio Especial, um departamento recém-formado da polícia de Crossbell em uma cidade-estado localizada entre duas grandes potências que lutam pelo controle sobre ela.

Depois de três anos longe de sua cidade natal, Lloyd Bannings retorna para seguir os passos de seu falecido irmão e se juntar ao Departamento de Polícia de Crossbell. No entanto, quando ele chega, descobre que foi designado para a Seção de Apoio Especial, uma nova divisão que lida com biscates e pedidos menores. Ele conhece seus novos companheiros de equipe, que incluem Elie MacDowell, neta do prefeito da cidade; Randy Orlando, um ex-soldado mulherengo; e Tio Plato, um jovem gênio da tecnologia. Embora seu departamento seja ridicularizado pela mídia e desprezado pelo resto do CPD, Lloyd e seus amigos continuam a lutar para tornar sua cidade um lugar melhor. Ao fazê-lo, no entanto, eles lentamente ficam cara a cara com a corrupção criminosa que toma conta de sua cidade. Mal sabem eles o quão profundas são as sombras de Crossbell City...