Star Trek: Armada é um jogo de estratégia em tempo real publicado em 2000 pela Activision. A aparência do jogo é baseada principalmente em Star Trek: The Next Generation, e apresenta alguns de seus personagens principais e naves. As facções jogáveis incluem a Federação Unida dos Planetas, o Império Klingon, o Império Estelar Romulano e os Borg. O jogo recebeu críticas positivas e foi notado por ser um dos melhores jogos de Star Trek a serem feitos.

O enredo faz referência a vários meios de comunicação no universo de Star Trek, incorporando elementos do enredo das séries de televisão Star Trek: Deep Space Nine e Star Trek: The Next Generation, bem como do então recém-lançado filme Star Trek: Insurrection. Após a Guerra do Domínio, a Federação se volta para a reconstrução. No entanto, uma nave do tempo da Federação, a USS Premonition, aparece repentinamente do futuro, sob ataque dos Borg. O capitão Jean-Luc Picard, comandando a USS Enterprise-E, vem em seu auxílio. O capitão da Premonição, Thaddeus Demming, avisa Picard sobre uma próxima invasão Borg. Picard então repele um ataque inicial dos Borgs em um posto avançado da Federação. Em outro lugar, o Comandante Worf auxilia na defesa do mundo natal Ba'ku dos Son' a, após o que ele é informado da descoberta da Enterprise. Enquanto viaja através de um setor perigoso do espaço em seu caminho de volta para Qo'nós, ele é emboscado por seu velho inimigo, Toral, que planeja usar uma Espada de Kahless falsa para assumir o Império Klingon. Toral embosca o chanceler Martok após outra incursão borg, e outra guerra civil klingon se segue. Depois de uma batalha climática sobre o planeta natal klingon, Toral é derrotado. Ele recua para a Zona Neutra, revelando que estava recebendo assistência do Império Estelar Romulano. As hostilidades se seguem entre os klingons e os romulanos. Os romulanos, enquanto isso, se deparam com uma Partícula Ômega estável, uma fonte de poder quase ilimitado. A partícula, descoberta primeiro por uma guilda de mineração ferengi, está prestes a ser vendida aos cardassianos; o Tal Shiar envia o almirante Sela para protegê-la antes que isso aconteça. Sela captura a Partícula Ômega e, apesar de alguma interferência dos Borgs, a entrega a uma base romulana fortificada. Ela então se alia aos Borg prometendo a partícula depois que eles destroem as forças restantes de Toral, mas ela então os trai e ataca depois que Toral é derrotado. Os Borgs, querendo proteger a partícula a todo custo, assimilaram uma instalação de clonagem do Domínio e a usaram para clonar Locutus, o antigo título de Jean-Luc Picard quando ele foi assimilado. Com Locutus liderando sua armada, os Borg pegam a Partícula Ômega dos romulanos e assimilam o Embaixador Spock, que está tentando mediar entre os klingons e os romulanos. Sem ele, os dois impérios vão para a guerra, e os borgs são capazes de entrar no sistema solar. Locutus e sua armada derrotam a frota da Federação, matam Worf e Demming e assimilam a Terra. No entanto, Picard e a Enterprise conseguem escapar através de um vórtice temporal criado pela Premonição. Voltando no tempo, a Enterprise impede a assimilação de Spock. Picard e Spock são capazes de forjar uma aliança entre os romulanos e os klingons, e juntos os três governos repelem a invasão da Terra. As forças unificadas dos Klingons, Romulanos e da Federação expulsam os Borgs do Quadrante Alfa e capturam um Portal de Transdobra que eles levam para a Unimatriz Um, no coração do Coletivo Borg. Lá, eles descobrem que a Partícula Ômega está alimentando a máquina de guerra Borg. A força combinada destrói a Partícula Ômega, mas Locutus viaja de volta no tempo antes que ele possa ser derrotado. De volta no tempo, Locutus, em uma Esfera Borg, tenta matar Picard a bordo da USS Enterprise-D logo após a missão Farpoint. No entanto, Locutus é frustrado pelo USS Premonition que, não afetado pelas mudanças na linha do tempo, persegue Locutus de volta no tempo e destrói sua nave. Quando uma Premonição cansada de batalha retorna ao "presente" e testemunha que tudo voltou ao normal, Demming envia a nave e a tripulação para um futuro melhor. O jogo termina com uma entrada final de Picard, observando a partida da Premonição, bem como a potencial desintegração da aliança Klingon-Romulan, embora Picard observe que "se a paz durará ou não, só o tempo dirá".