Yoshi's Cookie é um jogo de quebra-cabeça semelhante ao Tetris, no qual o jogador recebe um campo de jogo preenchido com biscoitos de cinco tipos diferentes dispostos em uma grade retangular. O jogador move cookies colocados aleatoriamente em linhas e colunas de cookies com padrões semelhantes. Quando uma linha ou coluna dos mesmos cookies é montada com sucesso, a linha desaparece e o jogador pode começar a trabalhar em uma nova linha ou coluna. O principal objetivo de cada nível é limpar o campo de jogo de todos os cookies.

Na sequência do título de Yoshi, Mario e Yoshi deixaram de lado suas aventuras para viver a vida simples dos trabalhadores da fábrica de biscoitos... mas nem tudo está bem em sua fábrica. Os fornos enlouqueceram e estão disparando assados e biscoitos em um Yoshi indo para a cidade com uma taxa de biscoitos caseiros semelhante à da maioria das metralhadoras de ponta. Mario e Yoshi têm um trabalho em suas mãos agora, classifique e empilhe todos os biscoitos e guloseimas rapidamente antes que as pilhas fiquem muito altas.