Os eventos do jogo ocorrem na fictícia Ilha Blood Edward. A protagonista do jogo, Ashley Mizuki Robbins, é filha de Richard e Sayoko Robbins, pesquisadores da memória humana. Depois que seus pais desapareceram misteriosamente em 1994, eles foram considerados mortos. Consequentemente, Ashley foi criada pela irmã mais nova de seu pai, Jessica Robbins, nos subúrbios de Seattle. Onze anos depois, dois dias antes de seu décimo quarto aniversário, Ashley recebe um pacote de seu pai contendo um cartão de aniversário e um dispositivo chamado das. O das, programado para responder apenas à biometria de Ashley, contém uma mensagem de seu pai, alegando que ele está esperando por ela em Blood Edward Island. Assumindo o controle de Ashley Robbins, os jogadores navegam por ambientes 3D e tentam resolver quebra-cabeças. Durante o movimento, a tela sensível ao toque exibe uma vista aérea de Ashley e seus arredores. O jogador pode mover Ashley usando um sistema de apontar e clicar, arrastando a caneta pela tela ou usando o D-pad. A tela superior mostra imagens pré-renderizadas da localização atual do jogador. Para resolver quebra-cabeças encontrados no jogo, o jogador deve usar a tela sensível ao toque ou outros recursos do DS, como o microfone DS.

Dois dias antes de seu décimo quarto aniversário, Ashley Mizuki Robbins recebe um pacote de seu pai, Richard Robbins, que ela achava que estava morto. O pacote continha um pequeno dispositivo portátil chamado Dual Another System, ou "DAS" (Dual Trace System, DTS na versão americana), juntamente com um convite para encontrá-lo na Blood Edward Island. No dia seguinte, ela e sua tia , Jessica Robbins, partiram para a ilha. Enquanto estava lá, Ashley conhece "D", um fantasma sem memórias, que tem vagado pela ilha sozinho por décadas desde sua morte. Ashley tenta ajudar D a descobrir suas memórias perdidas, ao mesmo tempo em que descobre a verdade sobre seu pai, o assassinato de seu assassinato e o misterioso projeto, codinome "Another".