Um estudante comum do segundo ano do ensino médio está em uma viagem de campo para Kyoto, o coração da cultura tradicional japonesa. Uma noite, como penalidade por perder um jogo para alguns de seus amigos, ele é forçado a tentar se esgueirar pela área de banho das meninas para espiá-las. No entanto, ele é pego e cai na banheira, de repente sendo cercado por uma luz estranha. Quando acorda, descobre que de alguma forma foi transportado de volta no tempo para o final do século XII, no crepúsculo do período Heian da história japonesa. Tendo sido arrastado para este período histórico crucial, ele é forçado a aceitar o que fazer, enquanto também luta para entender por que foi transportado de volta oito séculos no tempo... Shoujo Yoshitsuneden (lit. O Conto da Garota Yoshitsune) é um RPG tático com elementos românticos e visuais. A estrutura do jogo é dividida em capítulos, e a história é contada principalmente no formato de visual novel, com sequências de batalha sendo intercaladas por toda parte. O protagonista (nomeável) também pode buscar relacionamentos com as várias heroínas, e o final do jogo depende de qual delas o jogador escolheu para se tornar o mais íntimo, criando seis finais possíveis.