Mega Man Star Force se passa no ano fictício de 220X, onde duzentos anos se passaram após o final da série Mega Man Battle Network, quando a ênfase na tecnologia da internet diminuiu e, em vez disso, o mundo se tornou conectado através do uso de EM Waves. Embora os mundos cibernéticos e NetNavis ainda existam na Força Estelar, a dependência humana deles diminuiu muito, e as pessoas não têm mais companheiros Navi. Em vez disso, dependem de Transers. Três grandes satélites orbitando a Terra - Pégaso, Leão e Dragão - alimentam o Mundo de Ondas EM que existe ao redor da atmosfera da Terra, mantendo o mundo em rede. Enquanto o Mundo das Ondas EM é normalmente invisível ao olho humano, uma peça especial de óculos chamada Visualizador (possuída pelo protagonista principal da série) permite que um humano veja esse outro mundo. No entanto, como nos mundos cibernéticos da Rede de Batalha, os Vírus da Onda EM habitam o Mundo da Onda EM, causando problemas na vida cotidiana.

Ele aparece junto com Dragon Sky e Leo Kingdom para dar a Geo Stelar um teste para determinar se ele merece o Star Break ao jogar a versão Pegasus do MegaMan Star Force. Depois que Mega Man derrota sua forma de Sombra, a Quebra de Estrelas é concedida, mas se manifestará apenas em momentos de pura necessidade. Pegasus reaparece quando Geo aprende a usar os poderes do Star Break e derrota um Jammer. Ele aparece novamente quando Geo é atacado por um grupo de Jammers sem Omega-Xis, derrotando os Jammers e encorajando-o a se reunir com Omega-Xis, ao mesmo tempo em que concede a Geo parte de seu poder - seu GX Giga Card. Ele faz outra aparição quando Andrômeda é derrotada, pedindo a Cefeu para ajudar a reconstruir AM. Mais tarde, o verdadeiro Pégaso pode ser combatido no Espaço Profundo para ganhar suas Cartas de Batalha.